Vidéki zsidó család gyermekeként 1930 körül került Budapestre, ahol Vaszary János magániskolájában kezdte meg tanulmányait. Itt ismerkedett meg Ámos Imrével, akivel 1936-ban házasságot kötött. A következő évben a francia fővárosba tett tanulmányútjuk, és Marc Chagall művészetével való megismerkedésük mindkettőjük életművére jelentős hatást gyakorolt.

1938-tól 1941-ig Ámos Imrével a nyarakat a szentendrei művésztelepen töltötték, és barátságot kötöttek Vajda Lajossal, Vajda Júliával, Korniss Dezsővel, Bálint Endrével és Fekete Bélával. A Duna-menti város népművészeti motívumkincse, a szerb festészeti tradíció tárgyi emlékei, illetve az itt élők építészeti környezete kellő forrást biztosított Anna Margit számára, hogy a látványból kiindulva egy belső valóságot ábrázoljon művein. 1945-ben az Európai Iskola egyik alapító tagja volt, ahol a hagyomány és a kor modern festészetének együttes jelenléte alakította a csoport művészetét Kállai Ernő, Mezei Árpád és Pán Imre elméleti irányításával.

1948-ban rendezte első gyűjteményes kiállítását, amelyet csak húsz év múlva követett újabb önálló tárlata az Ernst Múzeumban.

Festői témáinak középpontjában sok esetben a portré állt, nőalakjaiban legtöbb esetben saját magát ábrázolta. Az 1940-es évek elején jelent meg nála legelső ízben a bábu ábrázolás, amely végig kísérte életművét, és alkalmas volt számára, hogy származása, a háború borzalmai és belső vívódása kifejeződésének eszköze legyen. A naiv festészetből merített, a gyermekrajzok őszinteségét megidéző groteszk, olykor ijesztő figurái belső szorongását, félelmeit, a rettegés különböző fokait voltak hivatottak ábrázolni. Az 1960-as évektől folyamatosan jelen volt Anna Margit oeuvre-jében – talán kontrasztként – egy lírai irány, amelynek középpontjában ugyancsak a portrék, arcképek állnak. Ezen művek festésmódjukban kevésbé nyugtalan, erőteljes gesztusokat mellőző, visszafogottabb színvilágú alkotások. Még életében, 1984-ben Szentendre városa önálló emlékházat avatott fel az ő és egykori férje művészetének bemutatására.